Mensaje clave. La prescripción del derecho a liquidar un período no impide a la Administración tributaria comprobar los saldos de IVA a compensar nacidos en él cuando se aplican en períodos posteriores no prescritos. El deber de conservación documental se extiende, en la práctica, más allá del plazo ordinario de cuatro años.

Contexto

El artículo 99.Cinco de la Ley 37/1992 permite al sujeto pasivo trasladar a períodos siguientes el exceso de cuotas soportadas deducibles sobre las devengadas, durante un plazo máximo de cuatro años. Esa mecánica genera magnitudes que viven varios ejercicios y que se aplican cuando la cuota devengada lo permite.

La cuestión controvertida era si la Administración podía revisar el origen y la cuantía de ese saldo una vez transcurrido el plazo de prescripción del período en que se generó, o si la prescripción producía un efecto de consolidación que blindaba la magnitud arrastrada.

La resolución reseñada el 4 de septiembre de 2026 se alinea con la doctrina ya consolidada en materia de bases imponibles negativas y de deducciones pendientes en el Impuesto sobre Sociedades, extendiendo el mismo razonamiento al Impuesto sobre el Valor Añadido.

Contenido de la doctrina

Objeto de la comprobación

La Administración no liquida el período prescrito ni modifica su resultado. Comprueba la corrección de una magnitud que el obligado tributario aplica en un ejercicio vivo, de modo que el efecto de la regularización se produce íntegramente en el período no prescrito.

Distinción entre derecho a liquidar y derecho a comprobar

El plazo de prescripción extingue el derecho a determinar la deuda tributaria mediante liquidación, pero no la facultad de comprobación de hechos y magnitudes con proyección en ejercicios posteriores. Ambos derechos tienen régimen y plazos distintos.

Carga de la prueba

Quien pretende compensar un saldo debe acreditar su procedencia y su cuantía. La acreditación se realiza mediante la exhibición de la autoliquidación de origen, la contabilidad y los libros registro, junto con los soportes documentales de las cuotas soportadas.

Límite de la doctrina

La comprobación no habilita a exigir cuota alguna por el período prescrito ni a imponer sanciones referidas a él. Su efecto se agota en la minoración del saldo aplicable en el ejercicio comprobado.

Impacto sobre los clientes del despacho

• Empresas con actividad exenta o con inversiones relevantes que arrastran saldos de IVA durante varios ejercicios, señaladamente en los sectores inmobiliario, sanitario, educativo y financiero.
• Sociedades promotoras y patrimoniales que han soportado cuotas elevadas en fases de construcción o rehabilitación y las compensan a medida que generan cuota devengada.
• Grupos que aplican el régimen especial de grupo de entidades, en los que el saldo se determina a nivel de entidad dominante y la trazabilidad documental resulta más compleja.
• Operaciones de compraventa de sociedades, donde el saldo de IVA a compensar figura habitualmente en el balance como activo y debe ser objeto de verificación específica en la revisión legal previa.

Riesgos identificados

• Documental. La destrucción de soportes al cumplirse el cuarto año desde la autoliquidación de origen deja al obligado sin medio de prueba frente a un requerimiento posterior.
• Contable. La minoración del saldo comprobado obliga a corregir el activo reconocido en balance, con impacto en el resultado del ejercicio en que se practique la regularización.
• Sancionador. Aunque no cabe sancionar por el período prescrito, la aplicación indebida del saldo en el ejercicio vivo puede integrar la infracción del artículo 195 de la Ley General Tributaria.
• Transaccional. En procesos de adquisición, un saldo de IVA no acreditado documentalmente debe tratarse como contingencia y cubrirse mediante manifestaciones y garantías específicas o mediante ajuste de precio.

Próximos pasos

• Inventariar los saldos de IVA a compensar vivos en la cartera de clientes, identificando el ejercicio de origen de cada tramo.
• Verificar la disponibilidad de la documentación soporte de los tramos más antiguos y ampliar el protocolo interno de conservación hasta cuatro años después del último período en que el saldo se aplique.
• Incorporar la verificación específica del saldo de IVA a compensar a los cuestionarios de revisión legal y fiscal en operaciones societarias.
• Revisar las contingencias fiscales dotadas en las cuentas anuales del ejercicio en curso a la luz de este criterio.
• Preparar un modelo de escrito de alegaciones que delimite el alcance de la comprobación e impida su extensión a la exigencia de cuota o de sanción por el período prescrito.

Fuente

Allyon ETL — Mini Boletín Fiscal Diario de 4 de septiembre de 2026: consultar la fuente.

Documento informativo. Su aplicación requiere el análisis individualizado de cada expediente.